国家税务总局发布的《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号），对《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号，以下简称28号文件）进行了修订和完善， 主要变化体现在四个方面：
一是明确了总分机构参与汇算清缴税款的分配原则。根据28号文件，分支机构不参加汇算清缴，补税和退税都与分支机构无关；而根据57号公告，分支机构参加汇算清缴，补税额和退税额分别按照税款分摊比例在总机构和分支机构之间进行，改变了分支机构仅承担预缴义务的做法，税款的分配更趋合理。
二是明确了总分机构查补税款就地入库问题，突破了就地监管的政策瓶颈。在28号文件规定下，由于没有赋予分支机构所在地税务机关相应的检查权而使其监管处于“看得见而管不着”的状态。57号公告明确了分支机构所在地税务机关可以单独对该分支机构进行税务检查，查补的税款50%由总机构入库，50%在查补出税款的分支机构所在地入库。地方税收利益的驱动和税务检查权的明确，将在很大程度上调动二级分支机构所在地主管税务机关的税收管理积极性，赋予其更大的动力以加大管理力度。
三是明确了分支机构“三因素”的内涵且统一了所属区间。采用会计准则的表述和口径，将“三因素”中的“经营收入”改为“营业收入”，“职工工资”调整为“职工薪酬”，对“资产总额”的解释不再排除无形资产；“三因素”的所属区间统一为上年度，不再区分上上年度和上年度，提高了“三因素”的确定性，减少了总分支机构主管税务机关之间的分歧。
四是明确了二级分支机构的定义，即汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。弥补了28号文件只对总机构定义而没有对二级分支机构定义的缺失，为实际征管提供了原则性的参考。
